Охрану территории заповедника «Брянский лес» и заказника «Клетнянский», находившегося в ведении заповедника, осуществляют государственные инспекторы. Штат службы охраны состоит из 27 человек. В 2011 году создана оперативная группа численностью пять человек. Опергруппа оснащена современной техникой и средствами связи. Основные задачи опергруппы:борьба с браконьерством; патрулирование подконтрольных территорий, в первую очередь районов и участков, наиболее подверженных угрозе браконьерства и возникновения пожаров; контроль за соблюдением установленного режима охраны территории подконтрольных ООПТ; участие в тушении пожаров и др.

За 2011 года на территории заповедника, в его охранной зоне и на территории заказника «Клетнянский» сотрудниками отдела охраны составлено 56 протоколов. Больше всего нарушений природоохранного законодательства приходится на незаконное рыболовство - 24 протокола. Выявлены также нарушения о незаконном нахождении на территории заповедника и незаконной охоте, соответственно 18 и 11 протоколов. Задержано 42 нарушителя, в том числе 8 человек с оружием. У нарушителей ИЗЪЯТО 104 ОРУДИЯ Незаконного лова рыбы, 72 ловчих петли и 4 гладкоствольных ружья. На нарушителей наложено административных штрафов на сумму 47,3 тыс. рублей и взыскано 32,2 тыс. рублей. Помимо охраны территории и борьбы с браконьерством, госинпекторы ocyществляют сбор первичной научной информации, принимают участие в учётах животных (зимний маршрутный учёт млекопитающих, учёт тетеревиных птиц и др.), сопровождают научных сотрудников, работают с посетителями и это далеко не полный перечень обязанностей сотрудников отдела охраны.