Наиболее древней из сооружений ансамбля является церковь Антония и Феодосия Печерских, дошедшая до нас в руинах. Это одна из двух каменных церквей, построенных по велению Ивана Грозного. Время ее строительства – после 1567 года. В 1677 году она обрушилась «по ветхости», а вскоре была восстановлена.

В описи 1681 года об этой церкви сказано:

«… а в трапезе печь изразчатая, зеленая: да у той же церкви приделана подкеларская, а под церковью и под трапезою два погреба, да хлебня. Церковь и трапеза покрыты тесом, а на церкви одна глава покрыта белым железом».

Восстановление церкви, а также последующие пристройки и достройки изменили ее первоначальный облик. По типу церковь представляла собой бесстолпный одноглавый, одноапсидный храм с теплой трапезной, стоявшими на подклете. От первоначальной церкви к XX веку сохранились основной куб церкви с барабаном купола и полукруглая апсида алтаря с древними архитектурными деталями. Архитектурная композиция этих основных частей церкви подсказывает мысль о ее постройке суздальскими мастерами.

Куб церкви расчленен с каждой стороны на три части пилястрами, вверху объединенными ступенчатым карнизом. Выше карниза помещен закомарный пояс – по три полуциркульных закомары – ниши на каждой стене куба. Возможно, покрытие куба осуществлялось «по-суздальски» – ступенчато-уступчатыми рядами закомар.

Впоследствии, в 1817 году оно было заменено железной крышей в форме восьмигранного сомкнутого свода.

Особенно характерно – суздальский вид имеет глухой барабан главы. Он украшен ажурным поясом декоративной аркатуры с килевидными арочками по трехчетвертным, перехваченным поясками-жгутами колонкам. Барабан завершен довольно развитым карнизом, убранным городчатыми сухарями. Завершение купола барабана маленькой главкой на вытянутой шейке, по-видимому, более позднее.

Алтарная апсида сохраняла в боковых частях два окна с характерными наличниками на трехчетвертных колонках, и ложное окно или киот в середине стены. Киот также обрамлен наличником на колонках, завершенным уплощенной килевидной аркой. Карниз апсиды между выступавшими полочками украшен полоской поребрика.

Древняя церковь имела облик довольно мощный и суровый. Скромные украшения, распространенные в то время в Суздале и в Москве, оживляя ее архитектуру, подчеркивали монументальность здания. При сравнительно небольших размерах храма, его монументальные формы помогли ему хорошо читаться издалека, со стороны реки и заречья, когда он выступал впереди ансамбля более значительных объемов.

Долгие годы руины разрушенной в 1930-м году церкви зарастали бурьяном и деревьями, «ожидая» своего восстановления.

И только в начале ХХI века пришло время «собирать камни». Церковь Антония и Феодосия была реставрирована в несколько изменённом виде.