В 1941 году в начале Великой Отечественной войны многие жители поселка ушли на фронт. Те, кто остался, создают партизанский отряд, который позднее стал называться отряд им. Маленкова. Штаб партизанского отряда находился в доме Прасковьи Кузьминичны Лаврененковой.

2 февраля 1943 года в поселке разыгралась трагедия. Партизанский отряд подвергся нападению фашистов и полицаев из Трубчевска.

После артиллерийской подготовки на отряд ринулись крупные силы немцев и полиции. Врагу удалось отрезать пути отхода отряда в лес. Но закрепившийся в дзотах взвод шквальным огнем сумел обеспечить выход из окружения основных сил отряда. Взвод героически погиб. Среди погибших Антонина Верещетина и Мария Беляченкова, бывшая в отряде политруком. Обе девушки в эту ночь дежурили на посту.

Разъяренные фашисты и полицаи согнали жителей поселка в контору «Заготзерно» и подожгли ее. Сгорели все вклады и практически все дома жителей. Всего сожжено и расстреляно более 100 человек.

На Бороденке в конце мая 1943 года располагался отряд им. Суворова партизанской бригады имени Чапаева. Отряды этой бригады им. Б. Хмельницкого и им. М. Горького занимали лесные поселки Непорень и Новенькое.

Это было время напряженных боев с фашистами, начавшими мощное наступление на партизанский край перед Орловско-курскими боями. Во главе семи пехотных, трех танковых дивизий,семи гренадерских полковстоял фашистский генерал Борнеманн. Массированное наступление началось 2 мая. Бригада им. Чапаева создала заслон из отрядов им. Суворова (командир Роман Козлов), им. Б. Хмельницкого (командир Егор Чмелев), им. М. Горького (командир Яков Левкин). Отряд им. Б.Хмельницкого и артиллерийская батарея (командир Н. Аржановский) должны были удерживать Витемлянский мост.

Враг начал переправу через реку Десну в районе моста, поддерживая ее сильным огнем бронепоезда и танков. Но партизаны отбросили гитлеровцев. Как только Захар Шаламов подбил из противотанкового ружья два танка, остальные машины поспешили укрыться, а бронепоезд отошел к Витемле.

В дальнейшем фашисты подтянули новые резервы и ,бросив в бой авиацию, потеснили партизан.

Бригада с боями отходила вглубь Брянского леса. Немцы сжимали кольцо окружения. Но чапаевцы сумели с боем вырваться из окружения. Был получен приказ объединенного штаба занять Новенькое, Непорень и Бороденку.

Как только приказ выполнили, немцы из района Трубчевска большими силами ринулись на Бороденку. Весь день суворовцы успешно отбивали вражеские атаки, но к вечеру из-за отсутствия боеприпасов отошли к Непорени.

Утром 2 июня немцы начали наступление на Непорень. Отряды были вынуждены оставить поселок и группами по 70-100 человек пробираться к месту сбора (район Милечи). А в июле по приказу объединенного штаба форсировали Десну и вышли на правобережье, чтобы в Почепском лесу соединиться с остальной частью бригады, в которой находился командир Василий Иванович Кошелев.

Недалеко от поселка, 3-4 км., на урочище Реторда в братской могиле захоронено 280 воинов, партизан и мирных жителей. На этом месте в 1980году был сооружен мемориальный комплекс «Трубчевская партизанская поляна», на которой установлена скульптурная композиция.

В память о трагедии 2 февраля 1943 года в центре поселка установлен памятник, а рядом с ним братская могила, в которой захоронено 18 воинов и партизан. Среди них Беляченков В.Н и Беляченкова М. Н. В 70-е годы на берегу реки Десны были найдены останки лейтенанта Яхонтова и торжественно захоронены в братской могиле.