Журнал «Теоретическая и прикладная экология» освещает актуальные экологические проблемы России и мирового сообщества, современные технологии их решения, новые теоретические и методологические подходы в оценке техногенного загрязнения природных сред и объектов, реабилитации химически загрязнённых территорий. Одной из важнейших задач издания является отражение роли сохранения биосферы в устойчивом развитии общества. Отдельные тематические выпуски журнала посвящены вопросам безопасного уничтожения химического оружия, развитию промышленного и аграрного производства, сохранения недр, охраняемых природных территорий, потребления природных ресурсов.

Статьи в журнале посвящены широкому спектру экологических проблем: методологии и методам экологических исследований, мониторингу антропогенно нарушенных территорий, экотоксикологии, экологическому риску и экологической безопасности, социальной экологии, проблемам природопользования, экологической культуре, образованию и просвещению, подготовке научных и научно-педагогических кадров высшей квалификации по направлениям: «Экология», «География», «Биология», «Химия».   Основные виды публикаций в журнале – это аналитические обзоры по актуальным проблемам экологии, научные статьи по результатам оригинальных исследований, научные отзывы и рецензии, хроника событий и мероприятий.

Публикует статьи на русском или английском языке по всем разделам экологии, а также смежных наук: оригинальные работы, обзорные статьи, хронику и информацию, рецензии, представляющие интерес для научного сообщества.

Журнал включён в перечень ВАК по отраслям науки:

• 03.02.09 – Биогеохимия (химические науки)
• 1.4.2. – Аналитическая химия (химические науки)
• 1.5.11. – Микробиология (биологические науки)
• 1.5.15. – Экология (биологические науки)
• 1.5.15. – Экология (химические науки)
• 1.5.19. – Почвоведение (биологические науки)
• 1.6.12. – Физическая география и биогеография, география почв и геохимия ландшафтов (географические науки)
• 1.6.19. – Аэрокосмические исследования Земли, фотограмметрия (технические науки)
• 1.5.15. – Экология (технические науки)
• 1.6.21. – Геоэкология (географические науки)
• 1.6.21. – Геоэкология (технические науки)
• 2.6.7. – Технология неорганических веществ (химические науки)
• 4.1.3. – Агрохимия, агропочвоведение, защита и карантин растений (биологические науки)

Журнал включён в российские и международные базы данных:

• Web of Science Core Collection - Emerging Sources Citation Index (ESCI), Biological Abstracts, BIOSIS Previews
• RSCI на платформе Web of Science
• Scopus
• Российский индекс научного цитирования (РИНЦ)
• UlrinchsPeriodicalsDirectory
• Google Scholar